独家完整版小说《金田一少年事件薄2：幽灵客船杀人事件》是天树征丸所编写的推理、推理侦探类型的小说，本小说的主角是水崎,阿一,若王子，内容主要讲述：序章
一八七二年十二月，在大西洋上航行的底格拉底亚号，发现一艘破旧不堪的帆船。
那艘帆船上的帆布大部分早已腐烂，破败地垂挂在桅上，船身则如醉汉般，左右摇晃地盲目航行。
在任何人眼中，那艘从浓雾中倏地浮现出来的帆船，简直就像传说中的幽灵船一样若隐若现，充满诡异之气……
“我的妈呀！是幽灵船！”
一名船员恐慌地向同伴大叫。
“加快速度追上那艘船！”
底格拉底亚号的莫亚。
郝斯船长迅即下了这个命令。
然而当底格拉底亚号开始掉头追逐时，帆船竟然减缓航行速度，似乎正等待底格拉底亚号靠近。
底格拉底亚号发出信号弹，可是对方并没有任何回应；船员们用望远镜观看，不但甲板上空无一人，甚至连同舵室也没看到人。
“船长，或许他们发生事故正等待救援，请您允许我登船察看！”
大副奥利佛。
迪波自愿前去一探究竟。
“好吧！放下小艇！”
船长下令后，奥利佛便带着两名船员坐上小艇，在白茫茫的浓雾之中划向那艘神秘的帆船。
他们三人划至帆船附近后，仰头看着镶在船腹上的字“玛丽。色列斯”“上去吧！”
奥利佛带着一名船员爬上色列斯号，留下另一名船员固守小艇。
“这……这到底是怎么一回事？”
他们俩一上船，同时被眼前诡异的景象吓得说不出话来。
船舵因为没有舵手掌控，此时就像损坏的风车一般，毫无目标地不断转动着。
垂挂在船桅上的破帆，发出如大鸟振翅般的咄咄声响，看不出有任何船员整理过的痕迹。
两人接着到船舱内探查，看到更奇怪的景象：厨房、餐厅和房间都整理得干干净净的，丝毫没有使用过的迹象。
船员们的衣服也都洗得很干净，而且摺叠得很整齐，摆在衣柜里。
厨房里还留着做到一半的早餐，餐桌上排外着盛着面包和肉干的盘子，连餐巾和餐具也都一丝不苟地摆放得很好。
这种景象仿佛舱门随时会被一群遭太阳晒昏了头的船员们撞开，然后开始狼吞虎咽吃起早餐似的。
但此刻船内却找不到任何人的踪迹。
“奥利佛……我、我们离开吧！”
随行的那名船员一边在胸前划着十字一边说道。
“我们还没有看过船长室，或许那儿会有人在……不，应该是一定会有人在的……非得有人在不可。”
奥利佛企图消弭恐惧的气氛，努力地让自己镇定下来，他强拉着不停颤抖的船员，打开船长室的门。
“啊！”
没有船长的身影！
空荡荡的船长室中，只留下一桌丰盛的早餐，等待主人来享用。
“他们一……一定是遇见暴风雨，在混乱当中所有的人都弃船逃走了！”
奥利佛指着桌上的杯子说：“不，你错了！果真如此，留在杯子里的饮料应该会溅到四周，而那边的药瓶也一定会倒下来。我想，绝对不是暴风雨！”
奥利佛突然发现桌上有一本被翻开的日志。
那是船长留下来的航海日志，上面说明航海过程一直持续处于平稳状态。
记述在十天前的十一月二十五日早上突然中断。
“真令人难以置信……”
这艘无人的船在这十天之中仿佛有个幽灵船长掌舵一样，仍然照着原定的航路平稳地前进。
奥利佛看完日志之后，因为过度震惊，无力地跌坐在地上，而随他上船的那名船员早已吓得跑出船舱。
当奥利佛对在小艇上待命的船员打信号，正要越过船缘的扶手时，他突然回过头来。
因为，他感觉到周围有一股“人气”！
可是眼前能没有“眼睛看得到的人”。
奥利佛环视着笼罩在浓雾中的无人甲板，喃喃地说着：“幽灵船长……”
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